雍正元年，十七岁的甄嬛（孙俪饰）与好姐妹沈眉庄（斓曦饰）、安陵容（陶昕然饰）参加选秀，她本抱着来充个数的念头，可皇帝（陈建斌饰）偏相中了她的智慧、气节与端庄，最后三人一同入选。但因华妃（蒋欣饰）嚣张，步步紧逼，沈眉庄被冤，安陵容变心，天真的甄嬛慢慢变成了后宫精明的女子。皇帝发现年羹尧的野心，令甄父剪除年氏一族，甄嬛终于斗倒了华妃。但不久又遭人暗算，父亲也被文字狱牵连而遭牢狱之灾，生下女儿后，心灰意冷的甄嬛选择出宫修行。在宫外幸得十七爷（李东学饰）悉心照顾，二人相亲相爱，只等有机会远走高飞。后因误传十七爷死讯，甄嬛为保全腹中骨肉，设计与皇帝相遇，重回宫中。因生下双生子，甄父的冤案得以平反，重新被皇帝重用，甄氏一族再度崛起。甄嬛多次躲过皇后（蔡少芬饰）的陷害，最终扳倒皇后。可造化弄人，享尽荣宠的甄嬛，最终却只能看着心上人十七爷死在自己怀中。皇帝驾崩后，弘历登基，甄嬛被尊为太后，虽然母仪天下，无上尊荣，却也失去了一切：爱人、亲人、朋友，甚至敌人，实乃天下第一孤独之人。
《甄嬛传》比起《步步惊心》和《宫》等清朝剧，戏说的基础不再趋于趣味化的穿越，而是着重描述了深宅大院、多角博弈、后宫传说等元素，更加细节化、故事化、情感化，用此起彼伏的勾心斗角和恩怨情仇堆积出人物的命运，侧写了时代的样貌、揣测了宫廷生涯。一些宫廷剧、戏说剧把封建王朝美化成才子佳人的舞榭歌台，仿佛那是一个可以肆意撒欢的时代，一些年轻人甚至想穿越回去过浪漫生活。《甄嬛传》则不同，它以一个纯真少女在皇帝后宫几经沉浮、生死搏杀的命运轨迹，狠辣地撕开封建宫廷的重重帷幕，让观众真切地看到“颜色如花、命如一叶”的落寞与悲怆。
皇权之下，等级森严。从答应、常在、贵人、嫔、妃，到贵妃、皇贵妃，如登刀山，愈登刀愈尖。政治上的世袭制决定了皇帝必须绵延子嗣，这是后宫“最大的政治”。皇帝客观条件下的不能专宠与后宫女子主观意志上的竞相争宠，构成了不可调和的矛盾。这些日日自危的女性，为自己争，更为家族争，朝廷政治与后宫争斗搅和一起，成为权谋和腐败滋生的温床。《甄嬛传》对后宫斗争的展示比一般宫廷剧更为辛辣，但这不是歌颂阴谋、欣赏斗争，而是借一个个青春女性理想和生命的惨烈毁灭，揭示出封建社会的腐朽本质。这正是《甄嬛传》区别于一些同类题材剧的关键所在。
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