1992年2月发行精选辑《十年情歌收藏盒》及《十年原声剧情片》；3月，正式加盟飞碟唱片公司并自组音乐工作室（越石音乐），潘越云开始学习制作唱片的知识；8月，发行个人第二张台语专辑《纯情青春梦》（也是在滚石的最后一张专辑）；11月，发行专辑《心的诱惑》并于政大举办个人单场校园演唱会。1993年6月，发行专辑《痴情》，凭借此专辑在次年3月入围第6届台湾金曲奖最佳国语女演唱人奖，其中收录的歌曲《痴情不是一种罪过》成为琼瑶电视剧《梅花烙》片尾曲。1994年2月，发行个人第三张台语专辑《孤单》，这也是潘越云自己参与制作的第一张专辑；3月，发行个人第一支单曲音乐录像带《为爱拖磨一世人》；10月，发行单曲《七重门》，收录于《两个永恒电视主题曲全辑》合辑；11月，发行专辑《秋天》，这也是越石音乐的最后一张作品。1995年5月，为怀念邓丽君的离开，潘越云与张学友、艾敬、齐秦等歌手合唱单曲《星愿》，收录在《再见、我的爱人》合辑；五月录制《星愿全新版本》，收录于《星愿》合辑；11月，与飞碟旗下歌手合唱单曲《相亲相爱》，收录于《相亲相爱》合辑。1996年12月，出版个人首本乐谱《滚石情歌经典乐谱第四册天天天蓝》。1997年1月，发行专辑《该醒了》，出版第二本乐谱《滚石情歌经典乐谱第五册纯情青春梦》。
1999年3月，,正式加盟原动力唱片公司；同时潘越云第一张EP专辑《秘密情歌》结合书籍《布达拉宫的秘密》发行；4月，发行专辑《拍拍屁股去恋爱》；11月，发行精选辑《唯一潘越云》；12月，发行个人第一张VCD专辑《疼爱潘越云》。2000年3月，实验性作品风格的“温柔潘越云”网站成立。2001年5月，受邀参加金曲奖颁奖典礼，并与各众歌手在现场演唱单曲《明天要更好》；8月，举行个人首次PUB演唱会《A-Pan in live》；11月，发行专辑《真情女人》；12月，为容祖儿《谢谢你爱我》专辑跨刀献声。2003年4月，参与发行合辑《简单情歌二男人真幸福》，与陈升、阿B合唱单曲《把悲伤留给自己》；4月，参与合辑《大爱剧场三音乐精选》的发行，在其中演唱单曲《问心》；11月，CD、XRCD、SACD、K2CD、LP同步发行专辑《旧情人》，该专辑获得台湾经济部2004年商业创意设计竞赛《专业组商品应用类佳作》。2004年1月10日，在台北国父纪念馆举办出道以来第一场售票演唱会“行云20演唱会”；2月9日至15日，与黄安携手举行怀旧演唱会；11月，发行个人首张Unplugged专辑《情歌》，专辑CD、XRCD、SACD、K2CD、LP同步发行。
2006年，作为唯一一位台湾评委参加了CCTV第12届青年歌手大奖赛；6月，发行单曲《落花》，收录于《神雕侠侣》电视原声带；8月，发行个人第一本图文书《淡水情歌》；同年，在马来西亚云顶举办演唱会。2007年1月，在网络公开单曲《遗憾》（与邰肇玫合唱）；8月，发行发烧唱片《潘越云》，整张专辑十首歌曲不经剪接、现场同步录音一路到底 。2008年11月16日，在台北西门河岸留言举行潘越云赏听会；12月31日，和文章在上海联合举行“越章”’演唱会。2009年加入大国唱片，发行单曲《面朝海子》。
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