潛伏期2天至5天，多數患兒可突然咽痛、發熱，體温多為37.5℃至38.5℃，很少超過39℃，持續2天至3天，類似感冒症狀;同時伴有噁心、嘔吐、腹瀉等消化道症狀。很快在口腔頰黏膜、齒齦、舌和齶部出現小皰疹，繼而破潰形成小潰瘍，狀如口瘡，有明顯灼痛。1天至2天后，手足遠端出現芝麻或米粒大小、灰白色不透明、圓形小水皰，數量達數個或數十個，呈離心性分佈，不疼，不癢或有輕度癢感，皮損分佈在手掌、足底、臀部、腋下等處，3天至5天后，液體吸收萎縮，乾燥脱皮。
手足口病是一種良性病，只要注意休息，對症治療、護理，一般都能很快恢復健康，不留後遺症。病程約一週，最長10天。因為導致手足口病的腸道病毒也具有侵害腦和心臟的特性，並且該病病發過程中，很容易感染到其他病毒和細菌，所以極個別患兒可引起心肌炎、無菌性腦膜炎、腦膜腦炎等致命性併發症。因此，家長要密切注意觀察病情變化，直至痊癒。
據介紹，手足口病一般以手、物品和水源為媒介經口進行傳染，或以飛沫形式通過空氣傳播。患者的咽部分泌物、唾液及糞便含有病毒。因此，該病一經發現應立即進行隔離治療，隔離期2周。隔離期要對患兒口、咽腔排出物及糞便進行嚴格消毒，可能污染的日常用品、食具及便器也應消毒。如餐具煮沸消毒15分鐘至20分鐘，煮沸時間從水沸騰時算起，日常用品可用含有效氯(如漂白粉)300ml/L或0.1%過氧乙酸液擦拭或浸泡。
專家提醒，預防手足口病，要注意保持居室內空氣流通、温度適宜，家長和幼教老師必須注意兒童的個人衞生，經常徹底清洗兒童的玩具或其他用品。同時，提醒兒童飯前便後洗手，不要吮手指，不喝生水，不食生冷和不潔的食物，多飲白開水或清涼飲料，多吃新鮮蔬菜和瓜果。
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