一、重視有機肥
有機肥所含營養元素全、肥效緩而長。有機肥是土壤微生物的能源，具有活化土壤微生物的功能，土壤微生物的增加可提高土壤養分的利用率，提高作物的抗病能力。有機肥在分解過程中釋放出的二氧化碳，又成為光合作用的原料，可顯著提高產量。同時，有機肥還具有提高作物品質的功能。為此重視有機肥是番茄施肥技術的核心。但是，使用的有機肥必須是發酵好的，否則，易產生有害氣體。一般情況下，每畝施用優質有機肥4000—5000公斤。有條件的也可使用微生物的接種製劑，一般情況下每畝用量為2—3公斤。
二、平衡使用化肥
化肥具有養分含量高、肥效快的特點，合理使用可彌補有機肥和土壤中所供給某種營養元素的不足，對提高產量、改善品質同有機肥具有同樣的效果，只要平衡使用化肥不會對作物和環境造成危害。番茄常用的肥料品種有：尿素、過磷酸鈣、硫酸鉀、硼砂、硫酸鋅和三元複合肥等。其中過磷酸鈣在酸性土壤或舊大棚上使用效果較好。有機肥用量大的和舊大棚，可選用用肥量的低限;有機肥用量少的和新建的大棚可選用用肥量的高限。
三、合理分配基肥、追肥的比例
依據肥料特點及番茄需肥規律，確定基肥、追肥的比例。一般情況下，有機肥、磷肥、微肥和80%的鉀肥、30%的氮肥混勻後做基肥，並將其中的2/3均勻撒於地表，然後翻於地下，其餘1/3起壟時施在定植行內，其餘70%的氮肥和20%的鉀肥分別做追肥使用。
四、科學適時噴施葉面噴肥
棚室番茄進入盛果期後，根系的吸肥能力下降，此時可進行葉面噴肥，常用的方法是每畝每次噴灑1%的尿素溶液加0.5%的磷酸二
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